วิธีการใหม่ในการต่อสู้กับโรคพืชโดยใช้แบคทีเรียในดินที่เป็นประโยชน์ในท้องถิ่นได้เกิดขึ้นจากความร่วมมือระหว่างวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรม
ทีมนักวิทยาศาสตร์จาก John Innes Center (สหราชอาณาจักร) ได้แยกและทดสอบแบคทีเรีย Pseudomonas หลายร้อยสายพันธุ์จากดินที่เก็บมาจากฟาร์ม จากนั้นจึงจัดลำดับจีโนมของพวกมัน 69 ตัว
เมื่อเปรียบเทียบจีโนมของสายพันธุ์ที่ยับยั้งการทำงานของเชื้อก่อโรคกับสิ่งที่ไม่ทำให้เกิด ทีมงานสามารถระบุกลไกสำคัญในการปกป้องพืชผลมันฝรั่งจากแบคทีเรียที่เป็นอันตราย
นักวิทยาศาสตร์ได้แสดงให้เห็นว่าการผลิตโมเลกุลขนาดเล็กที่เรียกว่าไซคลิกไลโปเปปไทด์มีความสำคัญในการควบคุมการตกสะเก็ดของมันฝรั่ง (โรคจากแบคทีเรียที่ทำให้เกิดความเสียหายอย่างมีนัยสำคัญต่อพืชผลมันฝรั่ง) โดยใช้การผสมผสานระหว่างเคมีและพันธุศาสตร์และชุดการทดลอง โมเลกุลขนาดเล็กเหล่านี้มีผลต้านเชื้อแบคทีเรียในแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคตกสะเก็ดและช่วยให้แบคทีเรีย Pseudomonas ที่เป็นประโยชน์ในการอพยพและตั้งรกรากพืช
การทดลองยังแสดงให้เห็นว่าการชลประทานทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญในประชากรที่มีความหลากหลายทางพันธุกรรมของ Pseudomonas ในดิน
การศึกษาที่ตีพิมพ์ใน eLife เสนอวิธีการที่นักวิทยาศาสตร์สามารถศึกษาไมโครไบโอมของแทบทุกพื้นที่ของเขตข้อมูล และพิจารณาสภาพดิน เคมีเกษตร และสิ่งแวดล้อมที่แตกต่างกัน
นักวิทยาศาสตร์สามารถทดสอบไมโครไบโอมในดินเพื่อหาแบคทีเรียที่เป็นประโยชน์โดยใช้ความก้าวหน้าในการจัดลำดับพันธุกรรมความเร็วสูง และกำหนดว่าโมเลกุลใดที่ผลิตขึ้นเพื่อยับยั้งเชื้อโรค ขั้นตอนต่อไปคือการขยายพันธุ์และคืนจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ไปยังทุ่งเดียวกัน
การใช้งานที่เป็นไปได้สำหรับสารเพิ่มจุลชีพรวมถึงการใช้ค็อกเทลแบคทีเรียกับพื้นผิวของหัวเป็นสเปรย์หรือลงดินโดยตรงโดยใช้การชลประทานแบบหยด